Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
В данной ситуации организация не является налоговым агентом по НДФЛ и не обязана удерживать и перечислять сумму налога в бюджет, а также подавать сведения в налоговый орган о размере выплаченных сотруднику сумм.

Обоснование вывода:
Согласно п. 1 ст. 24 НК РФ налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с НК РФ возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению в соответствующий бюджет (внебюджетный фонд) налогов.

В соответствии с п. 2 ст. 226 НК РФ налоговым агентом исчисление сумм и уплата налога производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со статьями 214.1, 214.3, 214.4, 227, 227.1 и 228 НК РФ с зачетом ранее удержанных сумм налога.

Согласно пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ физические лица самостоятельно уплачивают налог исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего этим лицам на праве собственности, и имущественных прав, за исключением случаев, предусмотренных п. 17.1 ст. 217 НК РФ, когда такие доходы не подлежат налогообложению.

Таким образом, в силу ст. 226 и ст. 228 НК РФ организация не является налоговым агентом по отношению к физическим лицам, получившим денежные выплаты за имущество, принадлежащее им на праве собственности. Соответственно, она не обязана удерживать и перечислять в бюджет НДФЛ с сумм, выплачиваемых сотруднику за приобретенный у него ноутбук. Физическое лицо должно сделать это самостоятельно (смотрите также письма Минфина России от 20.10.09 N 03-04-08-01/71, от 13.03.09 N 03-04-06-01/61). Обязанность подавать сведения в налоговый орган о размере выплаченных сумм в данном случае у организации также отсутствует (смотрите, например, письмо УФНС России по г. Москве от 15.05.2008 N 28-11/046605).

Дополнительно рекомендуем Вам ознакомиться с Энциклопедией хозяйственных ситуаций. «Оплата физическим лицам приобретенных у них товаров» (подготовлено экспертами компании «Гарант»).

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
член Палаты налоговых консультантов Морозов Иван

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Золотых Максим